Nato a Cremona nel 1973, Andrea Rognoni inizia lo studio del violino all'età di otto anni alla Scuola di Musica "C. Monteverdi" di Cremona. Prosegue gli studi al Conservatorio di Musica "G. Nicolini" di Piacenza nella classe di Fabio Biondi dove si diploma a pieni voti nel 1996. Successivamente segue corsi di violino e musica da camera perfezionandosi con Giuliano Carmignola, Alexander Lonquich, Pavel Vernikov. Inizia molto presto ad approfondire lo studio della prassi esecutiva, il repertorio barocco e classico documentandosi sui numerosi trattati del periodo tra il Seicento e l’Ottocento e dedicandosi alla riscoperta del repertorio inedito.
Collabora con l’Orchestra da camera di Mantova, Orchestre de Chambre de Paris, Orchestra Sinfonica di Navarra, Accademia Bizantina (O. Dantone), I Barocchisti (D. Fasolis), Balthasar Neumann (T. Hengelbrock), Zefiro (A. Bernardini), Atalanta Fugiens (V. Moretto), Collegium Vocale Gent (P. Herreweghe), Cordia, Ars Musica Zürich, e con formazioni cameristiche con artisti come Kenneth Weiss, Marcello Gatti, Marc Hantai, Cecilia Bartoli, Stefano Montanari, Luca Pianca, Gabriele Cassone, Andreas Scholl.
È tra i fondatori di AleaEnsemble, gruppo da camera che affronta il repertorio sette-ottocentesco con strumenti originali. Con AleaEnsemble ha inciso per MV Cremona il Divertimento KV 563 di W. A. Mozart e i Sei duetti concertanti Op. post. per violino e viola di A.B. Bruni. La registrazione dedicata ai Quartetti op. 2 di L. Boccherini, pubblicata dall’etichetta discografica Stradivarius nel 2008, si è imposta immediatamente all’attenzione della critica internazionale come esecuzione di riferimento, e ha vinto premi quali “Diapason d’Or” e “Choc de Le Monde de la Musique”.
Anche i quartetti per archi op. 77 e op. 42 di F.J. Haydn, pubblicati sempre per Stradivarius nel novembre 2009, hanno avuto grande apprezzamento da parte della critica. AleaEnsemble ha effettuato nel 2011 un video per la Televisione della Svizzera Italiana sull’invenzione del quartetto d’archi visibile online sul sito internet della RSI. Per la casa discografica Dynamic ha realizzato un cd in prima registrazione mondiale con i quartetti op. 15 di Luigi Boccherini.
Per MV Cremona ha inciso anche alcuni cd di sonate per violino di compositori cremonesi: Gasparo Visconti, Carlo Zuccari, Andrea Zani e Tarquinio Merula.
Ha effettuato inoltre più di 50 registrazioni per Tactus, Decca, Virgin Classics, Glossa, Sony, Brilliant Classics, Arts, Agogique, Erato, Naïve, Claves, nonché varie registrazioni radiofoniche e televisive. Marco Rognoni è stato primo violino e solista con l'Ensemble Cordia con il quale ha registrato per Brilliant Classics un cd dedicato a concerti di Telemann e un cd con musiche di G.B. Platti. Con Europa Galante diretta dal violinista Fabio Biondi ricopre dal 2003 il ruolo di spalla dei secondi violini, solista in concerti a due violini e in registrazioni effettuate per Virgin Classics, Agogique, Glossa e Naïve.
Ha suonato da solista al Teatro Real di Madrid, Carnegie Hall di New York, Barbican Center e Wigmor Hall di Londra, Champs-Élysées di Parigi, Walt Disney Hall di Los Angeles, Tonhalle di Zurigo, Victoria Hall di Ginevra, Konzerthaus di Vienna,Teatro della Pergola di Firenze, Théâtre de la Ville di Parigi, Auditorio Nacional de Música di Madrid, Tokyo Opera House, Sydney Opera House Ha insegnato violino barocco al Conservatorio di Verona dal 2016 al 2019.
Suona uno strumento italiano di scuola toscana del 1700.
Dal 2019/20 ricopre il ruolo di docente di violino barocco presso la Civica Scuola di Musica Claudio Abbado di Milano.