Discepolo del celebre gregorianista svizzero Luigi Agustoni, Giovanni Conti ne ha proseguito l'orientamento ancorato alle intuizioni del francese Eugène Cardine attraverso molteplici attività. È direttore del Master of Advanced Studies MAS in Paleografia e Semiologia gregoriana presso la Scuola Universitaria di Musica della Svizzera italiana - Lugano, docente di Musicologia liturgica presso la Facoltà Teologica di Lugano e all’ Università di Parma (Laurea specialistica in Musicologia). Tiene molteplici corsi tra i quali si segnalano quelli promossi a Cremona e ad Arco di Trento dall’Associazione Internazionale Studi di Canto gregoriano, a Rougemont (Gstaad) dalla Schola Cantorum Basilensis e a Valle de los Caidos (Escorial - Madrid) dall’Ahiesgre, ad Assisi-Sta Maria degli Angeli dal Centro Francescano di Canto gregoriano, a Catania presso il Centro Universitario San Nicola l’Arena, a Milano presso la Civica Scuola di Musica Claudio Abbado.
Conduce ricerche e tiene seminari universitari e relazioni diversi centri europei sulle forme di canto sacro occidentale, sulle fonti liturgiche medievali e sul repertorio sacro latino delle culture musicali dell’Europa e dei suoi mutamenti attraverso Medioevo, Rinascimento e Barocco. Svolge attività di critica musicale e ha pubblicato numerosi articoli e saggi per periodici e riviste specializzate. È membro di giurie nel contesto di prestigiosi concorsi internazionali. Al suo attivo anche numerose produzioni musicali radiotelevisive per la Televisione austriaca ORF, la Tv e a Radio Svizzera, la Rai radiotelevisione italiana, Polska Tv, Nippon Television, ZDF e Centro Televisivo Vaticano.
Svolge attività concertistica a livello internazionale alla guida degli ensemble vocali More Antiquo (maschile) e Adiástema (femminile). Ha registrato per case discografiche quali JVC, Ares, Naxos, Paoline Audiovisivi, Chgc, Amadeus, Classic voice, ARTS e Dymanic. È direttore artistico della Rassegna internazionale di musica medievale e rinascimentale Cantar di Pietre. È presidente della sezione italofona dell’Associazione Internazionale Studi di Canto Gregoriano e vice-presidente del Consiglio direttivo internazionale del medesimo sodalizio. Direttore della Rivista internazionale VoxAntiqua è membro del Consiglio direttivo del Réseau Européen de Musique Ancienne presso il Ministero della Cultura Francese. È succeduto a Luigi Agustoni alla guida di Cantus Gregoriani Helvetici Cultores. Già responsabile delle attività del Coro della Radiotelevisione svizzera, per lo stesso ente è responsabile della produzione musicale classica.