Discepolo del celebre gregorianista svizzero Luigi Agustoni, Giovanni Conti ne ha proseguito l’orientamento ancorato alle intuizioni del francese Eugène Cardine attraverso molteplici attività. È direttore del Master of Advanced Studies - MAS in Paleografia e Semiologia gregoriana presso la Scuola Universitaria di Musica della Svizzera italiana - Lugano, già docente all’Università di Parma (laurea specialistica in Musicologia). Tiene molteplici corsi tra i quali si segnalano quelli promossi dall’Associazione Internazionale Studi di Canto gregoriano, dalla Schola Cantorum Basilensis, a Valle de los Caidos (Escorial - Madrid) dall’Ahiesgre, ad Assisi Santa Maria degli Angeli dal Centro Francescano di Canto gregoriano, a Milano presso la Civica Scuola di Musica Claudio Abbado.
È visiting professor presso le università di Barcelona, Madrid, Tokyo, Hiroshima e Salamanca. Conduce ricerche e tiene seminari e relazioni in diversi centri di studio europei sulle forme di canto sacro occidentale, sulle fonti liturgiche medievali e sul repertorio sacro latino delle culture musicali dell’Europa e dei suoi mutamenti attraverso Medioevo, Rinascimento e Barocco. Svolge attività di critica musicale e ha pubblicato numerosi articoli e saggi per periodici e riviste specializzate. È membro di giurie nel contesto di prestigiosi concorsi internazionali. Al suo attivo ha anche numerose produzioni musicali radiotelevisive per la Televisione austriaca ORF, la Tv e Radio Svizzera, la RAI radiotelevisione italiana, Polska Tv, Nippon Television, ZDF e Centro Televisivo Vaticano. Svolge attività concertistica a livello internazionale alla guida degli ensemble vocali More Antiquo (maschile) e Adiástema (femminile). Ha registrato per case discografiche quali JVC, Ares, Naxos, Paoline Audiovisivi, Chgc, Amadeus, Classic voice, ARTS e Dymanic. È direttore artistico della Rassegna internazionale di musica medievale e rinascimentale Cantar di Pietre. È presidente della sezione italofona dell’Associazione Internazionale Studi di Canto Gregoriano e vice-presidente del Consiglio direttivo internazionale del medesimo sodalizio. Direttore della Rivista internazionale VoxAntiqua, è membro del Consiglio direttivo dell’ European Early Music Network presso il Ministero della Cultura Francese. È succeduto a Luigi Agustoni alla guida di Cantus Gregoriani Helvetici Cultores. Già responsabile delle attività del Coro della Radiotelevisione svizzera, per lo stesso ente è responsabile della produzione musicale. Nel 2022 Papa Francesco lo ha nominato Consultore per la Musica sacra presso il Dicastero Vaticano per il Culto Divino e la Disciplina dei Sacramenti.